تتنوع طرق التطبيق بشكل كبير، إلا أن طريقة الأوزون تُطبق في الغالب على شكل علاج ذاتي كبير وصغير. العلاج الذاتي الكبير أو ما يُعرف أيضًا باسم طريقة الأوزون الجهازية، هو عملية يتم فيها أخذ حوالي 100-250 سم مكعب من دم المريض وخلطه بمزيج من الأوزون والأكسجين لمدة 5-10 دقائق، ثم إعادة حقن هذا المزيج الجديد إلى المريض عن طريق الوريد. يتم إجراء 12-15 جلسة بشكل عام 2-3 مرات في الأسبوع. يمكن أيضًا تطبيق العلاج الجهازي على شكل أوزون في مصل الدم. أما العلاج الذاتي البسيط فهو عملية يتم فيها خلط 2-5 سم مكعب من الدم المأخوذ من المريض مع الأوزون، ثم حقنه في العضلات بعد الانتظار لمدة 5 دقائق. يمكن إجراؤه مع كل تطبيق جهازي أو مرة كل 3 جلسات. أما الطريقة الأخرى وهي طريقة الأوزون الموضعي، فهي تتمثل في حقن مزيج من الأكسجين والأوزون بجرعات مناسبة حسب حالة المرض مباشرة تحت العضلات والمفاصل والجلد. عادة ما يتم إجراء 6-10 جلسات في الأسبوع.