Uygulama yöntemleri çok çeşitli olmakla birlikte, ozon yöntemi çoğunlukla majör ve minör otohemoterapi şeklinde uygulanır. Majör otohemoterapi ya da diğer adıyla sistemik ozon yöntemi, hastalardan yaklaşık 100-250 cc kan alınıp 5- 10 dakika boyunca ozon ve oksijen karışımıyla birleştirilmesi ve bu yeni karışımın hastaya tekrar damar yolu ile verilmesi işlemidir. Genelde haftada 2-3 kez olmak üzere 12-15 seans uygulanır. Sistemik uygulama serum ozonlaması şeklinde de tatbik edilebilir. Minör otohemoterapi ise hastadan alınan 2-5 cc kanın ozon ile karıştırılması ve 5 dakika süre bekledikten sonra kas içine enjekte edilmesi işlemidir. Her sistemik uygulama ile birlikte ya da 3 seansta bir yapılabilir.

Diğer bir yöntem olan lokal ozon yöntemi ise, hastalığın durumuna göre uygun dozlarda hazırlanmış oksijen ve ozon karışımlarının doğrudan kas, eklem, cilt altına enjekte edilmesidir. Genelde haftada bir kez olmak üzere toplamda 6-10 seans uygulanır.